腸道菌群包括胃腸道中的細菌、原生生物和真菌等四五百種不同種群。動物出生前的消化系統是無菌的，但是一旦出生就立即會有微生物定殖。
菌群在特定的消化道生存取決於該部位的環境條件（氧氣濃度、食物組成、消化酶、鹽類和pH等），被分為主要菌群：> 90％的微生物，主要是嗜乳酸菌；衛星菌群：<1％，由大腸桿菌和腸球菌組成；殘餘菌群：<0.01％，主要是致病性物種如梭狀芽孢桿菌，變形桿菌，金黃色葡萄球菌和假絲酵母等組成。
腸道微生物的組成是不同菌群隨消化道內環境波動變化的一個動態平衡。當菌群平衡時，主要菌群：> 90％，衛星菌群：>1％，殘餘菌群：>0.01％，此時被稱為菌群平衡，菌群平衡是一個有益的狀態，機體和菌群和諧共生：機體為菌群提供了合適的環境，同時微生物有助於保持機體健康。
當這種90%-1%-0.01%平衡被打破時，被稱為“菌群失調”，此時衛星菌群和殘餘菌群大量繁殖，病原微生物的濃度急劇增加。這些病原體產生的菌毒素會對宿主機體產生嚴重的危害。
菌群失調造成小腸的非特異性炎症，也破壞了腸道壁的完整性。
人們對該疾病知之甚少，也不易進行研究，但是它傳播廣泛，據說影響了世界上超過半數的養殖場。它也被賦予了其他的名字，如“濕便”，“非特異性細菌性腸炎”，“腸道細菌異常生長”，“消化不良”等等。如果不及時治療，它會導致更嚴重的腸炎。
主要特徵
最常見的病變有：
- 腸道發炎，氣球樣腫脹，少許出血，腸壁變薄。
- 腸道內泡沫和水樣內容物。
- 尤其是在腸道後段，可見糞便中殘留的未消化飼料。
- 濕便。
- 飲水增加。
- 採食量下降。
- 雖然不是全部，但大多數情況下，菌群失調與料肉比變差，出欄重和生產成績下降有關。
原因
引起本病的原因有以下兩方面或更多：
- 飼養不當或飼料的重大變化（如由低蛋白日糧轉為高蛋白日糧），飼料原料質量差或衛生指標差。
- 管理不善或環境不良
- 衛生條件差
- 亞臨床性球蟲病
- 抗生素濫用
- 黴菌毒素中毒或其他疾病影響腺胃功能，導致胃酸分泌不足，胃酸是抵禦外來疾病的第一防線。
- 緊迫
防治
最有效的預防策略是全面關註消化道健康的各方面措施，包括飼料質量及成分、管理、衛生和生物安全等。這種全方位計劃包含減少抗生素的利用、使用植物提取物和益生素（如普維生+©系列和普樂壯+©系列）等抗生素替代品來抑制致致病菌。還應使用能吸附單端孢黴素等的黴菌毒素吸附劑普黴清© 來保證家禽腺胃健康。
在疾病初期，益生菌和益生素（普黴清©，普樂壯+©）有助於平衡動物腸道菌群，它們通過促進腸道有益菌群生長對抗致病菌。不同於抗生素的是它們沒有殺菌作用，所以不會傷害有益菌群。植物提取物也有助於減少病原微生物的濃度，而不對有益菌群產生影響。
