壞死性腸炎是消化系統前端產氣莢膜梭菌(Clostridium perfringens)過度繁殖的後果。產氣莢膜梭菌是一種革蘭氏陽性菌，其形成的孢子對乾燥、高溫、消毒劑和紫外線輻射具有極強的抵抗能力，因此它在世界各地的家禽養殖場中都很常見。
在消化道最理想的健康狀況下，產氣莢膜梭菌存在於消化道後端，不會引起疾病。當消化道上皮細胞受損、腸道菌群失衡、消化免疫受損或突然換料時，產氣莢膜梭菌可能不僅會在消化系統的後端，也會在消化系統前端過度繁殖，使得引發壞死性腸炎。
球蟲病是由幾種艾美球蟲屬(Eimeria)引起的腸道疾病。球蟲在其部分生命週期中，浸透到動物腸道上皮細胞，造成組織損傷和血漿蛋白洩漏至腸道內。腸道上皮細胞會增加黏液的分泌，作為防禦球蟲機制的一部分。
球蟲的存在可通過三種方式導致壞死性腸炎：
- 血漿蛋白和黏液都是產氣莢膜梭菌開始繁殖時的豐富營養來源。
- 球蟲的存在會破壞腸道菌群的平衡，減少乳酸菌 (Lactobacillus)、糞桿菌 (Faecalibacterium) 和念珠菌 (Candidatus sp.) 等有益菌和非致病菌的數量，同時增加賴氨酸芽孢桿菌(Lysinibacillus)和埃希氏菌（Escherichia 腸桿菌）致病菌的數量。腸道菌群成分的轉化有利於產氣莢膜梭菌的生長。
- 與此同時，艾美耳球蟲破壞動物腸道上皮細胞，打破腸道屏障，使產氣莢膜梭菌進入動物的血液和肝臟，引發感染。
根據我們在這方面的經驗，許多壞死性腸炎的案例都與亞臨床球蟲病有關。在顯微鏡下檢查腸道內容物和糞便幫助診斷亞臨床球蟲病，是治療疾病的第一步（請聯繫普維動保實驗室安排分析服務)。
天然精油替代合成抗球蟲藥物的驗證一直在持續。一般的精油和植物素對改善消化道健康也是有效的，這有助於預防球蟲病和壞死性腸炎。
墊料潮濕、不良衛生等條件是艾美耳球蟲產孢(sporulation of Eimeria) 的誘發因素，所以在製定預防壞死性腸炎的方案時，需要將其考慮在內。
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